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科研人员完成新版树?基因组测序 填补首版约73%拼装缺

来源: 滚动新闻中新网     时间: 2019-08-22 21:59:56
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  昆明8月21日电 (记者 胡远航)记者21日从中国科学院昆明动物研究所获悉,近期,该所科研人员完成了新版的树?基因组高精度测序、组装和注释。新版树?基因组填补了第一版基因组中约73%的拼装缺口。

  据介绍,树?是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物,为灵长类动物的近亲,在生物医学研究中颇具潜力。目前,树?已被用于感染性疾病如乙型肝炎、丙型肝炎、疱疹病毒感染、禽流感病毒感染等模型创建,在视觉系统研究、近视模型,以及一些肿瘤模型构建方面,显示了很好的前景。

  2013年,为了解决树?用于疾病动物模型创建时缺少基因组学等遗传信息的问题,中国科学院昆明动物研究所姚永刚课题组牵头组织中科院动物模型与人类疾病机理重点实验室相关研究团队,联合华大基因,发表了利用二代测序技术测定的中缅树?的全基因组,较为全面地获取了树?的遗传特性,证实树?与灵长类动物的亲缘关系最近。基于此版树?基因组数据,姚永刚课题组建立了首个树?基因组数据库,实现了树?基因组数据的自由访问和共享。但由于二代测序读长过短等技术局限,第一版树?基因组中存在一些问题。

  近期,来自姚永刚课题组的博士范宇利用单分子实时测序技术,结合高通量染色质构象捕获技术测序数据,完成了新版的树?基因组高精度测序、组装和注释。这一版树?基因组填补了第一版基因组中约73%的拼装缺口(163,220个),其中处于基因编码区的缺口全部得到填补。此外,新版树?基因组中,蛋白编码基因的数量与序列长度较第一版基因组有明显的质量提升,基因结构的精确度也明显上升。

  基于第二版基因组信息,范宇等人完成了基因组重复序列的分析,发现120多个长转座子和400多万个包含短重复序列(长度小于150bp)和长重复序列(长度大于5kb)的卫星区域。对LINE1的分析发现,树?基因组中的LINE1占基因组的18.54%,这种基因组占比和人类的类似。与包括人类、猕猴和小鼠的基因组结构变异对比分析后发现,相比较于人类,树?基因组中含有221个结构变异,猕猴基因组中有188个结构变异,而小鼠基因组中的结构变异多达387个。有趣的是,一些结构变异,如位于MYSM1基因和SLC35D1基因间的区域,只出现在树?和灵长类动物中,这一结果也从结构变异的角度说明,相比于小鼠,树?与灵长类动物在基因组方面有更高的相似性。

  据悉,为了更好地展示最新版的树?基因组信息,课题组将新版基因组数据、注释信息、群体遗传学参数、预测的基因共表达网络等数据,增加或更新在第二版树?基因组数据库中。这些用户友好型的数据库构建与更新,将为树?动物模型的研究提供相关基础数据,有望继续惠及树?研究领域。

  上述研究工作以“Chromosomal level assembly and population sequencing of the Chinese tree shrew genome”为题,发表在动物学领域SCI期刊《Zoological Research》上。该研究工作得到国家自然科学基金委、中国科学院和云南省的资助。(完)

坚实而温暖的慰藉??老挝交通事故中方伤员讲述获救经

  坚实而温暖的慰藉??老挝交通事故中方伤员讲述获救经历

  新华社老挝琅勃拉邦8月21日电 通讯:坚实而温暖的慰藉??老挝交通事故中方伤员讲述获救经历

  新华社记者章建华 杜大鹏

  19日,老挝北部古城琅勃拉邦外约40公里处,载有40多名中国游客的旅游大巴发生严重事故,13人遇难、31人受伤。事故发生后,祖国和同胞坚实而温暖的支持与慰藉,让伤者感动、安心。

  从老挝首都万象至琅勃拉邦的路上,十几公里山路翻山蜿蜒下行,几乎每个弯道都有刹车后轮胎划出的痕迹。雨季里,漫过公路的雨水更增加了行车风险。

  “一声巨响,我知道出事了。等我清醒过来,我被系着的安全带挂在半空中。我挣扎着解开安全带,甚至不记得自己怎么爬出车来的。我的额头血流不止,我想完了,这样下去没救了,”回忆起车祸发生时的情形,一位不愿透露姓名的女性伤者20日在琅勃拉邦中老国际医院对新华社记者说道,“但是好像不到半小时,老挝军人就来了,他们把我送到了卫生所。”

  “总领事、志愿者都来了,又把我送到这里。这里条件好一些,他们重新给我清洗伤口,做了完全缝合,”这名伤者说,“后来咱们的解放军医疗队做了筛查,把比我伤重的带到万象去治疗。经过检查,我安心了。”

  19日事故发生后,在卡西山口两侧修筑中老铁路的中国水电十四局立即派出16名员工奔赴现场。许多伤者说,“十四局的同志是挤到车厢里把人背出来的”;水电三局中老铁路项目部也紧急出动吊车、挖机解决了现场设备紧缺问题;中国中铁八局员工展开为伤员献血活动;领事协助志愿者、当地华侨华人连夜带着物资驱车到事故现场帮忙搜救、到医院看望伤者。

  “都是二、三十岁的年轻孩子,让我们很感动,也很欣慰,”在车祸中受伤、仍在中老国际医院住院的杨文武、金明华老两口告诉记者,“他们有的半夜两三点听到消息就来,带水带牛奶,听说我们衣物都没了,又去给我们买衣服。”

  金明华躺在床上不便行动,说着说着眼泪就从脸颊滑落:“家里孩子们说要来老挝看我,我说别来了,我们好了就回去。有当地人到医院来送东西、献血,有使馆的工作人员来探视,咱们的子弟兵还给我们验伤、治疗……有强大的祖国在背后,我们不怕!”

  “老挝军队、公安、地方、红十字会和当地群众积极救援,充分体现了中老命运共同体精神。我们对此表示衷心感谢。”中国驻老挝大使姜再冬20日在琅勃拉邦看望慰问伤员并同老方举行联合办公会后,向中老媒体介绍情况时说。

“火车头”也要“学雷锋”??雷锋精神与雷锋号的三十

  “火车头”也要“学雷锋”

  人民网银川8月20日电(张玫)当丝路驼铃声回荡在历史深处,闪着金光的雷锋头像伴随着雷锋号的隆隆汽笛声响彻在西部的天空……

  近日,“发现最美铁路?重走丝绸之路”媒体团走进宁夏回族自治区银川迎水桥机务段银川运用车间,一同探访“雷锋号”机车组的前世今生。

  30年3变 见证西北铁路快速发展

  图左为蒸汽机车时代的“雷锋号”?前进2690,图右为如今的“雷锋号HXD3D-0035 (资料图)

  中国铁路兰州局集团公司迎水桥机务段的“雷锋号”机车命名于1989年5月,它成为全国铁路继“毛泽东号”、“朱德号”、“周恩来号”、“黄继光号”之后,第五台以人名命名的机车。伴随着兰铁机务人躬耕不辍的黄牛精神,这台以伟大的共产主义战士??雷锋同志的名字命名的火车头已在西北大漠铁路线上安全驰骋了30年。

  “雷锋号”机车组组建以来的30年中,先后经历了3次转型,从最早的蒸汽机车2690号到1995年以后的内燃机车3943号,到2001年2月的韶山3型电力机车5035号,再到2017年3月3日以后的和谐D3D型0035号,“雷锋号”见证了西北铁路科技快速发展的历程。

  不忘初心 传承雷锋精神做好人开好车

  时光穿梭,轮轨铿锵,“雷锋号”的汽笛声在历史空间嘹亮回响,直触心灵。

  “做好人、开好车”是“雷锋号”机车组精神。步入而立之年的“雷锋号”从未忘记自己的初心。

  “行车万里为人民 ,军民共同学雷锋”这两行粘贴在一面红色金丝绒上的金色字,是1993年2月6日“雷锋班”全体战士赠与“雷锋号”机车组的共勉词,也是西北铁路人正式成为“雷锋传人”的物证,更是他们在对精神与物质孰重孰轻深度思考后的坚定选择。

  2014年至今,“雷锋号”机车组与北部战区“雷锋班”共为中卫市沙坡头移民小学、迎水桥镇小学赠送图书360册;为宁南山区贫困儿童捐赠学习用品价值1万多元;机车组成员无偿献血3400毫升;及时送还失主贵重物品价值近50万元,带动了一批铁路职工共同传承弘扬雷锋精神。

  牢记使命 坚守标准保障安全运输生产

  在1994年冬天的一个滴水成冰的极寒夜,凌晨1时左右,雷锋号第二任司机长李国宏利用出库前的短暂时间对前进型2690“雷锋号”蒸汽机车做“体检”,当他敲击前车钩底板时,一丝不易觉察的异常声音从耳边掠过。李国宏摘掉棉帽钻进地沟,打着手电筒,忍着如刀割面的寒风,把车钩底板仔仔细细地看了一遍,最后发现了弹簧箱左上角的一道裂纹,立即向调度汇报换车。

  从那以后,李国宏给“雷锋号”机车组成员立了个新规矩:每次机车出库前,对走行部关键部件再敲击检查一次。几十年来,这个规矩在一代代“雷锋号”机车组成员严格的执行中,形成了雷打不动的常态化工作制度,有效提高了机车走行部质量安全系数。

  无论是牵引客车还是货车、无论是白天还是黑夜、无论是好天气还是坏天气,“雷锋号”机车组成员的作业标准从不走样。

  2018年“五一”劳动节过后的第二天,现“雷锋号”机车组党员司机贾建林在值乘7531次列车时突遇险情。利用标准化作业,贾建林及时防止了一起后果严重的行车事故,成为全段乃至全集团公司学习的榜样。

  “30年前,原中卫机务段党委决定组建‘雷锋号’机车组,一个重要目的就是通过大力传承弘扬雷锋精神,教育引导干部职工稳固思想道德基础,安心搞好安全运输生产,为国家和地方经济社会发展做贡献。”亲历“雷锋号”机车诞生的张凤舞对记者说。

  长期以来,“雷锋号”机车组成员坚持立足岗位学雷锋,成为宁夏精神文明建设的一缕新风。而“雷锋号”,这一台嵌入雷锋精神的火车头,满载荣光,继续在西北大地驰骋…

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